O histórico de cada conta WhatsApp é armazenado ocasionalmente e sincronizado com uma cópia de segurança localizada no servidor da aplicação. Esta medida permite a utilização simultânea de uma conta em vários dispositivos ou a sua transferência completa quando se muda de número de telefone.
O WhaSpy explora a vulnerabilidade generalizada das redes celulares baseadas em SS7, utilizando a falha de segurança dos operadores móveis e interceptando remotamente um pacote de dados de entrada por número de telefone (incluindo o código QR necessário para verificar o WhatsApp). Depois disso, o histórico da conta comprometida é carregado para o dispositivo Android virtual. Em seguida, o arquivo com o histórico da conta é formado e fica disponível para descarregamento no Dashboard.